Un modelo de cadena de custodia en el que los materiales con características particulares de interés se mantienen físicamente separados de los materiales que pueden carecer de estas características, aunque los materiales no necesariamente se rastrean y controlan hasta una única fuente identificable y pueden mezclarse entre múltiples fuentes. La cadena de custodia segregada se utiliza habitualmente, pero no exclusivamente, en el contexto de la certificación.