Um modelo de cadeia de custódia sob o qual os materiais com características específicas de interesse são mantidos fisicamente separados de materiais que talvez não tenham essas características, embora os materiais não sejam necessariamente rastreados e controlado por uma única fonte identificável e podem ser misturados a partir de múltiplas fontes. A cadeia de custódia segregada é usada comumente, mas não exclusivamente no contexto da certificação.